Reklama zamknie się automatycznie po 5 sekundach
Nowoczesne metody obliczeniowe pozwalają na znaczne przyspieszenie badań pozwalających poznać strukturę i funkcję białek - również wirusowych, a w efekcie służą jako pomoc w zaprojektowaniu skutecznych leków czy szczepionek. Naukowcy z grupy badawczej Tunneling Group, działającej przy Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej, wykorzystując symulacje dynamiki molekularnej i autorskie oprogramowanie, dogłębnie poznali strukturę głównej proteazy wirusa SARS-CoV-2, enzymu, który jest jednym z kluczowych enzymów w cyklu życiowym wirusa.
Młody zespół działający pod kierunkiem dra hab. Artura Góry z Centrum Biotechnologii Politechniki Śląskiej w ramach nawiązanej współpracy z badaczami z Uniwersytetu Alberty w Kanadzie oraz Politechniki w Turynie scharakteryzował główną proteazę SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 Mpro) oraz porównał ją z odpowiadającym enzymem wirusa wywołującego SARS (SARS-CoV Mpro).
- Początkowo chcieliśmy porównać zachowanie obu enzymów i na tej podstawie zaproponować związki, które były już wcześniej przebadane i mogłyby szybko zostać wprowadzone, aby zahamować aktywność głównej proteazy, a tym samym zahamować namnażanie się wirusa. Niestety, już podczas wstępnych analiz okazało się, że kieszeń wiążąca substrat, w której miałoby następować wiązanie związków hamujących działanie enzymu, jest bardzo ruchliwa. Co oznacza, że nie możemy skorzystać z drogi na skróty - opowiada o wynikach badań dr hab. Artur Góra.
- Dodatkowo zaobserwowaliśmy, że nasz cel molekularny może łatwo ulec dalszym zmianom, gdyż charakteryzuje się dużą zmiennością ewolucyjną. To w efekcie oznaczałoby, że cały nasz i naszych Partnerów wysiłek może pójść na marne. Dlatego też niezwłocznie rozpoczęliśmy prace nad wytypowaniem innego - mniej ruchliwego i ewolucyjnie stabilnego - rejonu białka Mpro, do którego potencjalne leki mogłyby się wiązać skuteczniej – mówi dr hab. inż. Artur Góra.
Naukowcy wyjaśniają, że poprzez połączenie analizy dynamiki białka z analizą ewolucyjną oraz analizą wpływu dalszych mutacji na stabilność enzymu chcą wygrać ten szczególny rodzaj wyścig zbrojeń, inaczej mówiąc chcą przechytrzyć wirusa i przewidzieć kolejne możliwe drogi jego ewolucji.
- Już teraz wiemy, że wirus wyizolowany we Włoszech różni się od tego z Wuhan. Mutacje prowadzące do zmian w sekwencji głównej protazy to także tylko kwestia czasu i chcemy być na tę ewentualność dobrze przygotowani - mówi naukowiec.
- Nasze prace nie są tylko i wyłącznie teoretyczne, skuteczność wiązania się wytypowanych związków możemy błyskawicznie sprawdzić dzięki nowoczesnej platformie do wysokoprzepustowej analizy interakcji międzycząsteczkowych dostarczonej przez firmę NanoTemper. Możemy mówić o dużym szczęściu w tej sytuacji, grant na pozyskanie unikalnej infrastruktury badawczej otrzymaliśmy pod koniec zeszłego roku i przy wykorzystaniu MonolithNT.Automated jesteśmy w stanie zweryfikować kilkaset związków dziennie - opowiada dr Góra.
Prace w kierunku scharakteryzowania SARS-CoV-2 Mpro ruszyły w momencie, kiedy udostępniona została struktura krystalograficzna tego białka. Na jej podstawie wykonane zostały symulacje dynamiki molekularnej, które następnie przeanalizowano pod kątem zmian dynamiki i zachowania białka. Grupa Tunneling Group stworzyła program AQUA-DUCT, który pozwala na przeanalizowanie dynamiki zachowania białka z uwzględnieniem zmian w dostępnych przestrzeniach wewnątrzcząsteczkowych, co przy konwencjonalnej analizie jest zwykle pomijane. Dodatkowo, badania zostały rozszerzone o analizę ewolucyjną wirusowych białek Mpro oraz badanie stabilności białka. Pierwsze wyniki badań zespołu dra Góry zostały udostępnione dla wszystkich zainteresowanych już na początku marca, czekają również na recenzje w jednym z topowych czasopism.
W zespole badawczym z ramienia Politechniki Śląskiej pracują: dr hab. Artur Góra z Centrum Biotechnologii, doktorantki - mgr Karolina Mitusińska z Centrum Biotechnologii i Wydziału Chemicznego, mgr inż. Maria Bzówka ze Wspólnej Szkoły Doktorskiej, oraz inż. Agata Raczyńska i inż. Aleksandra Samol z Wydziału Automatyki, Elektroniki i Informatyki.
Zamieszczone komentarze są prywatnymi opiniami Użytkowników portalu. Redakcja portalu slaskibiznes.pl nie ponosi odpowiedzialności za ich treść.
XVI Europejski Kongres Gospodarczy: czołowi gracze sceny polityczno-gospodarczej już od wtorku w Katowicach
+1 / -0INTARG®2024 - Katowice zapraszają na czołowe Międzynarodowe Targi Wynalazków i Innowacji
+1 / -0Min. Czarnecka i premier Buzek w Katowicach. "Przemysł na Śląsku musi być różnorodny"
+1 / -0
Szanowny Czytelniku!
Chcemy dostarczać Ci coraz lepsze materiały dziennikarskie i udoskonalać funkcje naszego serwisu. Do tego są nam potrzebne Twoje zgody na lepsze dopasowanie treści marketingowych do Twoich potrzeb. Dzięki nim możemy pozyskiwać środki na rozwój naszego portalu. Dlatego poniżej przedstawiamy Ci informacje dotyczące naszej polityki bezpieczeństwa i przysługujących ci praw:
25 maja 2018 roku zaczęło obowiązywać Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (określane jako „RODO”).
Informujemy, iż: administratorem Twoich danych osobowych będzie TuPolska Sp. z o.o. z siedzibą w Rybniku, ul. 3 Maja 30, 44-200 Rybnik.
Wyznaczyliśmy Inspektora ochrony danych, z którym kontakt jest możliwy za pomocą adresu e-mailowego: [email protected].
Twoje dane osobowe będą przetwarzane w celu:
Dane osobowe mogą być udostępniane organom państwowym na ich żądanie na podstawie powszechnie obowiązujących przepisów prawa, lub innym osobom i podmiotom współpracującym- tj. podwykonawcom świadczącym na naszą rzecz usługi, w szczególności usługi informatyczne, prawne, inne usługi pomocnicze (na podstawie zawartych umów powierzenia przetwarzania danych osobowych).
Twoje dane osobowe będą przetwarzane do czasu wycofania zgody. A w przypadku zbierania danych dla celów dokonywania analiz i badań statystycznych do czasu zgłoszenia skutecznego sprzeciwu.
Posiadasz prawo dostępu do treści swoich danych oraz prawo ich sprostowania, usunięcia, ograniczenia przetwarzania, prawo do przenoszenia danych (od 25 maja 2018), prawo wniesienia sprzeciwu wobec przetwarzania, prawo do cofnięcia zgody w dowolnym momencie bez wpływu na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie zgody przed jej cofnięciem. W celu skorzystania z powyższych praw należy skontaktować się z Inspektorem ochrony danych
Masz prawo wniesienia skargi do organu nadzorczego, gdy uznasz, iż przetwarzanie Twoich danych osobowych narusza przepisy ogólnego rozporządzenia o ochronie danych osobowych z dnia 27 kwietnia 2016 r.
Podanie danych osobowych jest dobrowolne aczkolwiek niezbędne do świadczenia usług na Twoją rzecz. Brak podania danych uniemożliwi nam świadczenie usług.
Twoje dane osobowe są przetwarzane w sposób zautomatyzowany w tym również w formie profilowania. Konsekwencją takiego przetwarzania będzie prowadzenia działań marketingowych oraz handlowych dopasowanych do Twoich potrzeb i zainteresowań.
W związku z powyższym prosimy o zaznaczenie pola: „zgadzam się”, w przypadku wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych w celach marketingowych (w tym analizowanie oraz profilowanie w celach marketingowych) przez TuPolska Sp. z o.o. Dane osobowe zbierane są w ramach korzystania z usług, ze stron internetowych oraz zapisywanych w plikach cookies.
Zostałem/am zapoznany/a z pouczeniem dotyczącym z prawa dostępu do treści moich danych i możliwości ich poprawiania. Przyjmuję do wiadomości, że mogę w dowolnym momencie wycofać tę zgodę. Wycofanie przeze mnie zgody nie ma wpływu na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie mojej zgody przed jej wycofaniem
